Reponsáveis:
Dr. Guilherme Oliveira (CPqRR)
Dr. Jeronimo C. Ruiz (CPqRR)
Adhemar Zerlotini Neto (CPqRR)
Rômulo Lúcio Vale de Moraes (CPqRR)
Patrícia de Cássia Ruy (USP)

29 de janeiro a 2 de fevereiro de 2007

Local: Sala de Reuniões, 9:00 às 17 horas.
Centro de Pesquisas René Rachou - FIOCRUZ
Av. Augusto de Lima 1715, Barro Preto, BH

Alunos selecionados

1. Carga horária: 35 horas

2. Pré-requisitos: Conhecimentos básicos de Biologia, Biologia Molecular e dos sistemas operacionais Linux e Windows.

3. Número de Vagas: 10

4. Período de Atividades da disciplina:29 Jan 2007 a 02 Fev 2007. Período Integral. (das 09:00-12:00 e das14:00-18:00)

5. Objetivos: O curso se destina a biólogos interessados em aprender Perl, uma das linguagens de programação mais amplamente utilizadas em Bioinformática. A necessidade da utilização de Perl surge em diferentes momentos da análise genômica in silico e é particularmente útil na mineração de dados biológicos, nas extração de relatórios associados as buscas por similaridade de seqüências contra bancos de dados de domínio e na interação com DBs biológicos. Ao concluir o curso o aluno deverá ser capaz de realizar programações simples em PERL e utilizar o BioPERL na sua pesquisa.

6. Ementa: O conteúdo será desenvolvido utilizando pacotes de programas de código fonte livre a)Perl e b)Emboss bem como bancos de dados domínio público. As aulas terão um caráter teórico-prático, envolvendo a discussão sobre o desenvolvimento e aplicação dos scripts elaborados. Tarefas específicas serão atribuídas aos alunos.

7. Programa:
• Quais são as estratégias para se escrever um programa?
i. Estratégias de Resolução de problemas;
ii. Etapas do desenvolvimento de um Script;
iii. Estilo de programação e correção de sintaxe;
iv. Comentando e documentando o código;

• Obtendo e instalando PERL no seu computador;

• Localizando e corrigindo erros nos scripts;

• Utilização e instalação de módulos Perl pelo CPAN (Comprehensive Perl Archive Network);
i. Seqüências e Strings;
ii. Utilização de Expressões Regulares;
iii. Sub-rotinas em Perl;
iv. Pacotes em Perl;
v. Módulos em Perl;

• Utilizando BioPerl para manipulação de dados biológicos;
i. Lendo seqüências de um arquivo no formato Genbank e escrevendo no formato fasta;
ii. Utilizando os recursos de módulos disponíveis nos scripts perl para análises de seqüências biológicas;
iii. Utilizando módulos perl para mineração de arquivos locais e de web;
iv. Utilizando o módulo Searching IO para extração de relatórios de uma busca feita pelo algorítmo BLAST.

8. Referências Bibliográficas:

- Mount, D. W. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2004. 692 p.
- Tisdall, J. Beginning Perl for Bioinformatics. Gravenstein Highway North, Sebastopol, CA.: O'Reilly & Associates, Inc., v.1. 2001. 400 p.
- Wall, L., T. Christiansen, et al. Programming Perl: O'Reilly & Associates, Inc. 1996. 645 p.