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Coordenador:
Dr. Guilherme Corrêa de Oliveira oliveira [at] cpqrr.fiocruz.br
Alunos:
Nome E-mail
1 - Ana Carolina Alves de Mattos anademattos [at] cpqrr.fiocruz.br
2 - Christiane de Oliveira Goveia chrisgoveia [at] cpqrr.fiocruz.br
3 - Fernanda Ludolf Ribeiro feludolf [at] cpqrr.fiocruz.br
4 - Fernanda Magalhães Freire Campos fernanda [at] cpqrr.fiocruz.br
5 - Ricardo Fernandes de Paula fernandesdepaula [at] bol.com.br
6 - Anderson Rodrigues dos Santos
7 - Eduardo Campos dos Santos
8 - Jane Cristina Rodrigues da Cruz
9 - Luciana Marcia de Oliveria luoliveira [at] cpqrr.fiocruz.br
10 - Oto Soares Coelho Junior
11 - Patricia de Cassia Ruy
12 - Priscila Grynberg priscilag [at] gmail.com
13 - Raul Torrieri
14 - Romulo Lucio Vale de Moraes romulo_bioinfo [at] yahoo.com.br
Avaliação:
1- 30% apresentação de trabalhos
Durante o curso todos os alunos irão apresentar os trabalhos pré-selecionados. Espera-se que todos leiam todos os trabalhos. O objetivo da apresentação é orientar a discussão e não substituir a leitura dos trabalhos.
2 - 30% participação em discussões
Após a apresentação dos trabalhos haverá um momento para discussão. Alguns dos pontos que devem ser discutidos são: prós- e contras- da metodologia utilizada, pré-requisitos para o uso da metodologia de escolha, dados gerados, discutir se o seu organismo de interesse pode ser abordado com esta metodologia, etc. Será dado enfoque ao método aplicado.
3 - 40% apresentação da proposta final
A proposta final é a utilização de alguma metodologia trabalhada durante, ou outra não discutida, o curso para o estudo de algum parasito de escolha do estudante. O aluno deverá apresentar uma proposta contendo o objetivo e a metodologia a ser abordada. O aluno irá também fazer uma apresentação de 15 minutos da proposta para a classe no último dia do curso.
Programa:
14/04 (tarde): Genoma, bancos de dados e integração de dados de parasitos
Papers: Genoma e predição de genes – Ivens et al, 2005 - Discussão da turma
Bancos de dados - Gajria et al, 2007 - Ana Carolina Alves de Mattos
Integração de dados – Aurrecoechea et al, 2006 - Christiane de O. Goveia
Predição de genes – Lu et al, 2007 - Discussão
15/04 (tarde): Polimorfismos genômicos
Papers: SNPs em Plasmodium vivax - Feng et al, 2003 - Fernanda Ribeiro
Mapa genético em Plasmodium – Kidgell et al, 2006 – Fernanda Campos
Polimorfismos em genes candidatos a vacinas – Mlambo et al, 2007 – Ricardo de Paula
16/04 (manhã): Identificação de candidatos a vacinas
Papers: Explorando a imunidade natural de hospedeiros – Meeusen et al, 2003 – Jane Rodrigues da Cruz
Abordagem genética na identificação de candidatos a vacinas - Martinelli, et al, 2005 – Oto Soares
Abordagem proteômica na identificação de candidatos a vacinas – Forgber et al, 2006 - Patricia Ruy
17/04 (tarde): Identificação de candidatos a alvos de drogas
Papers: Análise metabolômica - Fatumo et al, 2008 – Priscila Grynberg / Chavali et al, 2008 – Raul Torrieri
Genética funcional com o uso de transposons – Balu – et al, 2006 – Romulo Moraes
Uso de modelagem de estrutura proteica – Cavazzuti et al, 2008 - Anderson Rodrigues dos Santos
Gerenciamento de dados para a identificação de alvos – Birkholtz et al, 2006 - Luciana Oliveira
18/04 (tarde): Análise genética e trabalhos finais
Papers: QTL em nematodeos – Crawford et al, 2006 - Eduardo Campos dos Santos
Apresentação de trabalhos finais. Ordem de apresentação (10 min. de apresentação e 5 de discussão). Entregar o trabalho por escrito em 2 páginas. Ordem de apresentação:
1. Ana Carolina Alves de Mattos
2. Christiane de Oliveira Goveia
3. Fernanda Ludolf Ribeiro
4. Fernanda Magalhães Freire Campos
5. Ricardo Fernandes de Paula
6. Anderson Rodrigues dos Santos
7. Eduardo Campos dos Santos
8. Jane Cristina Rodrigues da Cruz
9. Luciana Márcia de Oliveira
10. Oto Soares Coelho Junior
11. Patricia de Cassia Ruy
12. Priscila Grynberg
13. Romulo Lúcio Vale de Moraes
14. Raul Torrieri
Pqpers:
The genome of the kinetoplastid parasite, Leishmania major.
Ivens AC, Peacock CS, Worthey EA, Murphy L, Aggarwal G, Berriman M, Sisk E, Rajandream MA, Adlem E, Aert R, Anupama A, Apostolou Z, Attipoe P, Bason N, Bauser C, Beck A, Beverley SM, Bianchettin G, Borzym K, Bothe G, Bruschi CV, Collins M, Cadag E, Ciarloni L, Clayton C, Coulson RM, Cronin A, Cruz AK, Davies RM, De Gaudenzi J, Dobson DE, Duesterhoeft A, Fazelina G, Fosker N, Frasch AC, Fraser A, Fuchs M, Gabel C, Goble A, Goffeau A, Harris D, Hertz-Fowler C, Hilbert H, Horn D, Huang Y, Klages S, Knights A, Kube M, Larke N, Litvin L, Lord A, Louie T, Marra M, Masuy D, Matthews K, Michaeli S, Mottram JC, Müller-Auer S, Munden H, Nelson S, Norbertczak H, Oliver K, O'neil S, Pentony M, Pohl TM, Price C, Purnelle B, Quail MA, Rabbinowitsch E, Reinhardt R, Rieger M, Rinta J, Robben J, Robertson L, Ruiz JC, Rutter S, Saunders D, Schäfer M, Schein J, Schwartz DC, Seeger K, Seyler A, Sharp S, Shin H, Sivam D, Squares R, Squares S, Tosato V, Vogt C, Volckaert G, Wambutt R, Warren T, Wedler H, Woodward J, Zhou S, Zimmermann W, Smith DF, Blackwell JM, Stuart KD, Barrell B, Myler PJ.
Science. 2005 Jul 15;309(5733):436-42.
ToxoDB: an integrated Toxoplasma gondii database resource.
Gajria B, Bahl A, Brestelli J, Dommer J, Fischer S, Gao X, Heiges M, Iodice J, Kissinger JC, Mackey AJ, Pinney DF, Roos DS, Stoeckert CJ Jr, Wang H, Brunk BP.
Nucleic Acids Res. 2008 Jan;36(Database issue):D553-6. Epub 2007 Nov 14.
ApiDB: integrated resources for the apicomplexan bioinformatics resource center.
Aurrecoechea C, Heiges M, Wang H, Wang Z, Fischer S, Rhodes P, Miller J, Kraemer E, Stoeckert CJ Jr, Roos DS, Kissinger JC.
Nucleic Acids Res. 2007 Jan;35(Database issue):D427-30. Epub 2006 Nov 10.
cDNA sequences reveal considerable gene prediction inaccuracy in the Plasmodium falciparum genome.
Lu F, Jiang H, Ding J, Mu J, Valenzuela JG, Ribeiro JM, Su XZ.
BMC Genomics. 2007 Jul 27;8:255.
Single-nucleotide polymorphisms and genome diversity in Plasmodium vivax.
Feng X, Carlton JM, Joy DA, Mu J, Furuya T, Suh BB, Wang Y, Barnwell JW, Su XZ.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2003 Jul 8;100(14):8502-7. Epub 2003 Jun 10
A systematic map of genetic variation in Plasmodium falciparum.
Kidgell C, Volkman SK, Daily J, Borevitz JO, Plouffe D, Zhou Y, Johnson JR, Le Roch K, Sarr O, Ndir O, Mboup S, Batalov S, Wirth DF, Winzeler EA.
PLoS Pathog. 2006 Jun;2(6):e57. Epub 2006 Jun 23. Erratum in: PLoS Pathog. 2006 Aug;2(8):e96.
Analysis of genetic polymorphism in select vaccine candidate antigens and microsatellite loci in Plasmodium falciparum from endemic areas at varying altitudes.
Mlambo G, Sullivan D, Mutambu SL, Soko W, Mbedzi J, Chivenga J, Jaenisch T, Gemperli A, Kumar N.
Acta Trop. 2007 Jun;102(3):201-5. Epub 2007 May 22.
Exploiting natural immunity to helminth parasites for the development of veterinary vaccines.
Meeusen EN, Piedrafita D.
Int J Parasitol. 2003 Sep 30;33(11):1285-90. Review.
A genetic approach to the de novo identification of targets of strain-specific immunity in malaria parasites.
Martinelli A, Cheesman S, Hunt P, Culleton R, Raza A, Mackinnon M, Carter R.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Jan 18;102(3):814-9. Epub 2005 Jan 7.
Mapping the antigenicity of the parasites in Leishmania donovani infection by proteome serology.
Forgber M, Basu R, Roychoudhury K, Theinert S, Roy S, Sundar S, Walden P.
PLoS ONE. 2006 Dec 20;1:e40.
Estimating novel potential drug targets of Plasmodium falciparum by analysing the metabolic network of knock-out strains in silico.
Fatumo S, Plaimas K, Mallm JP, Schramm G, Adebiyi E, Oswald M, Eils R, König R.
Infect Genet Evol. 2008 Jan 20. [Epub ahead of print]
Systems analysis of metabolism in the pathogenic trypanosomatid Leishmania major.
Chavali AK, Whittemore JD, Eddy JA, Williams KT, Papin JA.
Mol Syst Biol. 2008;4:177. Epub 2008 Mar 25.
Functional genomics of Plasmodium falciparum through transposon-mediated mutagenesis.
Balu B, Adams JH.
Cell Microbiol. 2006 Oct;8(10):1529-36. Review.
Discovery of potent pteridine reductase inhibitors to guide antiparasite drug development.
Cavazzuti A, Paglietti G, Hunter WN, Gamarro F, Piras S, Loriga M, Allecca S, Corona P, McLuskey K, Tulloch L, Gibellini F, Ferrari S, Costi MP.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Feb 5;105(5):1448-53. Epub 2008 Feb 1.
Integration and mining of malaria molecular, functional and pharmacological data: how far are we from a chemogenomic knowledge space?
Birkholtz LM, Bastien O, Wells G, Grando D, Joubert F, Kasam V, Zimmermann M, Ortet P, Jacq N, Saïdani N, Roy S, Hofmann-Apitius M, Breton V, Louw AI, Maréchal E.
Malar J. 2006 Nov 17;5:110. Review.
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